No pudo soportar ver a la hermosa emperatriz Isabel muerta. Francisco de Borja y Aragón, uno de los personajes más influyentes y misteriosos de su tiempo, ante el cadáver de la mujer de la que estaba platónicamente enamorado, da un giro radical a su vida. Biznieto ilegítimo de un papa ―el intrigante Alejandro VI (Rodrigo Borgia)―, y de un rey mujeriego ―el astuto Fernando el Católico―, íntimo de Carlos V y marqués de Llombay, rompe con el mundo y se hace jesuita. Pero no cesarán los enigmas y problemas del ex duque de Gandía y ex virrey de Cataluña. Acusado por la Inquisición y bajo sospecha de Felipe II, que lo cree amancebado con su hermana la princesa Juana, única mujer jesuita de la historia, huirá a Portugal, y en Roma será elegido segundo sucesor de Ignacio de Loyola. Pero nunca dejará de ser para todos «el duque», el hombre de confianza de reyes, príncipes, papas, validos, soldados y santos.